塩基除去修復（base excision repair; BER）ではDNA glycosylaseが傷害塩基のN-glycosidic bondを加水分解しAPサイトを生成する。今回の実験では酵素基質複合体の特性を調べるため にAPサイトアナログであるpyrrolidine（PYR）およびtetrahydrofuran（THF）を用いた。



　AlkA、ANPG、Tag、Fpg、MutY、EndoIII、Ung、TDG、EndoVを用いPYRとの相互作用を調べた 結果、Uracil DNA glycosylase以外の全てのglycosylaseで相互作用が観察された。このこと から、PYRはglycosylaseに対するgeneralな阻害剤やX線結晶構造を求める際の複合体基質と して活用できる可能性を示している。
　AlkAの結果を見るとWTでは正に荷電しているPYRに強く結合し中性のTHFとの結合との差が 大きいことが分かる。しかしD238Nではどちらとも同じ程度のK_dを示している。 このことからD238が直接的にtransition stateの正荷電と相互作用していることが考えられ る。このD238はglycosylaseに保存されているHelix-hairpin-Helix-Gly/Pro-rich loop-Asp （HhH-GPD）モチーフに位置している。同様のことはEndoIIIでも考えられるが、その他の glycosylaseではあまり差がないのかもしれない。

DNA glycosylaseにおける解離定数Kd（pM） 　 PYR:T THF:T PYR:G THF:G THF:A PYR:OG THF:OG AlkA WT 16 45,000 　 　 　 　 　 AlkA D238N 800 1100 　 　 　 　 　 ANPG 23 160 　 　 　 　 　 Fpg 350 2600 　 　 　 　 　 MutY 　 　 90 320 　 65 45 EndoIII 　 　 42 7800 　 　 　 G/T glycosylase 　 　 16 23 　 　 　 EndoV 　 　 17,000 　 140,000

≪文献≫
The Journal of Biological Chemistry, 1998, Vol.273, No.15 8592-8597
Specific Binding of a Designed Pyrrolidine Abasic Site Analog to Multiple DNA Glycosylases
Orlando D. Scharer, Huw M. Nash, Josef Jiricny, Jacques Laval, Gregory L. Verdine